Buku ini mengisahkan usaha Robert Langdon, Profesor "Kaji Simbol Agama" di Universiti Harvard, menyelesaikan masalah pembunuhan seorang curator terkenal di Muzium Louvre, Paris iaitu Jacques Saunière. Sudahpun tertera sebagai tajuk buku, keadaan kematian Saunière menepati karya Da Vinci apabila mayatnya ditemui di Sayap Denon Louvre dalam keadaan berbogel dan menunjukkan gaya Vitruvian Man iaitu satu daripada karya terkenal Leonardo da Vinci. Menurut karya tersebut, mesej rahsia tertulis di sebelah badannya dengan rajah Pentagram terlukis di atas perutnya dengan darahya sendiri.

Pesanan yang tersembunyi di sebalik karya agung Leonardo seperti Mona Lisa dan The Last Supper, menjadi titik tolak dalam menyelesaikan masalah dan rahsia yang dilindungi yang tidak sempat disampaikan oleh Saunière sebelum mati serta misteri di sebalik pembunuhan tersebut.

Dalam merungkai misteri tersebut, watak (bersama pembaca) terpaksa memerah otak untuk mengaitkan kejadian, pesanan dan rahsia yang mungkin tersembunyi secara sulit termasuk anagram dan nombor. Robert Langdon dalam usaha mencari jawapan terhalang apabila disyaki menjadi dalang di sebalik pembunuhan tersebut. Dalam keadaan diburu, mereka mendapati semua itu berkaitan dengan tempat yang mungkin terletaknya Cawan Suci dan persatuan sulit yang dikenali sebagai [[Priory of Sion], begitu juga dengan Kesatria Templar. Turut muncul dalam jalan cerita ialah organisasi Katolik dan "Opus Dei".

Antara beberapa plot cerita:

• Jacques Saunière ialah ketua Priory of Sion, maka dia tahu akan maklumat tentang "batu kunci", yang mendedahkan lokasi Cawan Suci dan dokumen yang mampu menggoyahkan institusi asas Kristian dan Gereja Katolik. Dia dibunuh kerana maklumat tersebut ingin dicungkil oleh pembunuhnya.

• Pesanan yang ditinggalkan Saunière yang tertulis dengan pen di atas lantai mempunyai tambahan "P.S. Find Robert Langdon" (P.S. Cari Robert Langdon). Sebab itulah Bezu Fache mengesyaki Langdon sebagai pembunuhnya. Fache memadamnya sebelum Langdon tiba di Louvre supaya Langdon tidak tahu bahawa polis mengesyakinya. Walau bagaimanapun, Sophie Neveu melihat keseluruhan pesanan tersebut setelah difakskan oleh pihak polis ke pejabatnya. Dia menyedari bahawa pesanan tersebut adalah untuknya memandangkan datuknya sering memanggilnya "Princesse Sophie" (atau "PS") ketika kecil. Kerana itulah dia mengetahui bahawa Langdon tidak bersalah dan meninggalkan sistem peti simpanan suara untuk mengelakkannya daripada pihak polis.

• Terdapat lagi tiga baris pesanan yang tertulis dengan darah Saunière yang merupakan anagram. Baris pertama ialah nombor Fibonacci yang ditunggangterbalikkan. Baris kedua dan ketiga tertulis "O, draconian devil!" dan "Oh, lame saint!" iaitu anagram bagi "Leonardo da Vinci" dan "The Mona Lisa" (dalam Inggeris). Petunjuk tersebut ialah panduan ke set petunjuk kedua. Pada kaca di potret Mona Lisa, Saunière menulis pesanan "So dark the con of Man" dengan pen curator yang hanya boleh dilihat dengan cahaya ultra ungu. Petunjuk tersebut ialah anagram bagi Madonna of the Rocks, iaitu satu lagi lukisan Da Vinci yang tergantung berhampiran. Di balik lukisan tersebut ialah kunci yang disorokkan Saunière yang tertulis di atasnya dengan pen kurator satu alamat.

• Kunci tersebut boleh membuka peti keselamatan di Bank Simpanan Zurich dengan nombor akaunnya ialah nombor Fibonacci yang disusun mengikut susunan yang betul.

• Di Westminster Abbey, Langdon membuka kripteks kedua dan menanggalkan isinya sebelum memusnahkannya di hadapan Teabing. Teabing ditangkap dan merayu kepada Langdon agar memberitahu kandungannya dan lokasi rahsia Cawan tersebut.

• Biskop Aringarosa dan Silas mempercayai bahawa mereka menyelamatkan Gereja Katolik dan bukan memusnahkannya.

• Bezu Fache mendapati Neveu dan Langdon tidak bersalah hanya selepas menemui peralatan perisikan di kawasan rumah Teabing.

• Pesanan terakhir dalam batu kunci yang kedua tidak merujuk kepada gereja kecil Rosslyn Chapel, walaupun Cawan tersebut pernah ditanam di sana, di bawah Bintang David di atas lantai (dua segi tiga adala "bilah" dan "piala", atau lambing lelaki dan perempuan).

• Penjaga gereja kecil Rosslyn ialah nenek Sophie (isteri Jacques Saunière ) yang telah lama menghilang.

• Walaupun keempat-empat pemimpin Priory of Sion dibunuh, rahsia mereka tetap tidak hilang di kalangan organisasi tersebut

• Pada penghujung buku, Robert Langdon dan Sophie Neveu merancang pertemuan mereka di Florence, Itali.